Со времен, описанных во втором эпизоде, прошло 3 года. Энакин окончательно встает на темную сторону силы и превращается в Дарта Вейдера. Республика гибнет под ударами крепнущей Империи, Джедаи теряют контроль над галактикой, а Падме готовится к тому, чтобы стать матерью. Все эти события будут разворачиваться на фоне грандиозной битвы, знаменующей финал Клонических войн…

Действие разворачивается через 10 лет после событий, описанных в первом эпизоде знаменитой саги. Республика все глубже погружается в пучину противоречий и хаоса. Движение сепаратистов, представленное сотнями планет и могущественным альянсом корпораций, грозит стать новой угрозой для Галактики, с которой не смогут справиться даже джедаи.

Назревающий конфликт, заранее спланированный могущественными, но пока еще не разоблаченными силами, ведет к началу Клонических войн и к закату республики. Чтобы противостоять угрозе вселенских масштабов, Верховный канцлер Палпатин добивается консолидации власти в республике в своих руках и отдает приказ о создании республиканской армии для поддержки малочисленной группы джедаев в их борьбе с превосходящим противником.

Мирная и процветающая планета Набу. Торговая федерация, не желая платить налоги, вступает в прямой конфликт с королевой Амидалой, правящей на планете, что приводит к войне. На стороне королевы и республики в ней участвуют два рыцаря-джедая: учитель и ученик, Квай-Гон-Джин и Оби-Ван Кеноби…